吴氏在外感热病的治疗方面，较全面地总结了前人的学术经验，在《温病条辨》中以清热救阴为治者，近乎一半。
认识到“温热，阳邪也。阳盛则伤人之阴也”，强调“本论始终以救阴精为主”，“温热伤人身之阴，故喜辛凉甘咸，以救其阴”。
在整个温病的治疗过程中，时时顾护阴液，认为“存得一分津液，便有一分生机”，把清热养阴作为治温之大纲。
吴氏养阴遵《内经》“风淫于内，治以辛凉，佐以苦甘；热淫于内，治以咸寒，佐以甘苦”之训，大抵而言，上焦主以辛凉，中焦主以甘寒，下焦主以咸寒，三焦分治，创制了许多养阴名方，一直沿用至今。归纳而言，可分以下几个方面：
一、甘寒生津法
主要运用于温病初、中期，邪在上、中焦阶段，肺胃津液耗伤之证。
吴氏认为：“温病本伤阴之病，下后邪解汗出，汗亦津液所化，阴液受伤，不得言矣，故云当复其阴。此阴指胃阴而言。……欲复其阴，非甘凉不可。”
甘寒诸方如益胃汤、沙参麦冬汤、五汁饮、雪梨浆等。常用药物如沙参、麦冬、生地、梨汁等甘寒之品。此类方药清养肺胃之阴，但又不碍胃，从而获热退阴复之效。对于肠腑燥实，他强调增水行舟，用增液汤。
二、咸寒甘润法
对下焦温病，邪热深入，导致肝肾阴液涸竭，甘寒濡润已不能复，惟咸寒滋填之品，始能收到养阴复液、壮水制火之效。
他认为：“温邪久羁中焦，阳明阳土，未有不克少阴癸水者，或已下而阴伤，或未下而阴竭。….若再下其热，是竭其津而速之死也。故以复脉汤复其津液，阴复则阳留，庶可不至，于死也。”其复脉变方颇多，可视病情酌用。
若肾水枯竭，肝失涵养，而出现肝风内动，手足瘛疭之证，此时“邪气已去八九，真阴仅存一二”，亟须填补真阴，息风潜阳，大、小定风珠即是代表方剂。
若真阴亏耗而心中烦，不得卧，阴虚火旺，则咸寒之中加入苦甘，如黄连阿胶汤。
若温病后期，热伏阴分，需透热外出，入阴搜邪，则用青蒿鳖甲汤咸寒佐以辛凉之剂。
三、酸甘化阴法
酸甘化阴法是用酸敛药物，收敛阴气，不使阴气散脱，同样起到保阴作用，主要方剂如生脉散，常用于暑热津气耗伤之证。其云：“生脉散能酸甘化阴，守阴所以留阳，阳留汗自止也。”
若暑邪深入厥、少二阴，水亏火旺之证，则用连梅汤酸甘化阴兼酸苦泄热法。
若“久痢之…..阴液大伤，热病液涸，急以救阴”，则用人参乌梅汤酸甘合化。
其他如熟地黄与五味子合用的地黄余粮汤，治久痢阴伤气陷；用麦冬麻仁汤治疟伤胃阴，不饥不便；若肝肾之阴久伤，乙癸源竭，则用专翕大生膏，以酸甘之药合血肉有情之品，滋填下焦真阴，安其专翕之性。
四、苦甘合化法
将苦寒药与甘寒之品配合运用，其苦甘以化阴气，苦寒又能泄邪热。但此法中苦寒所占比重不多，以甘寒为主，以防苦寒太多反伤阴气。
他说：“举世皆以苦能泻热，坦然用之而无疑，不知苦先入心，其化以燥，服之不应，愈化愈燥…..见温病而恣用苦寒，津液干枯不救者甚多，盖化气比本气更烈。”
如冬地三黄汤治热病小便不利，阴气又伤，兼治春温内陷下痢，阴精欲脱，立法以救阴为主，少佐苦寒泄热。如加减黄连阿胶汤，吴氏以黄连、黄芩苦寒坚阴泄热，阿胶、生地黄、白芍甘寒育阴，而救厥脱。
以上四法是吴氏养阴的主要手段，当然四者常据证而用，相互配合，同时在运用养阴法时一定要注意热病邪热的盛衰，注意清养的主次，他说：“在上焦以清邪为主，清邪之后，必继以存阴；在下焦以存阴为主，存阴之先，若邪尚有余，必先以搜邪。”同时注意养阴勿忘益气，以达阳生阴长之效。
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