矿物的宝石分布在岩石或由岩熔融岩石衍生出的宝石砂砾中。岩石本身由一种或数种矿物组成，可分成三大类，即火成岩、沉积岩和变质岩。它们的形成是个连续过程，用“岩石循环”最能贴切表达(如图)。这些岩石中，具有宝石特性的矿物或许可轻易地在地表找到，但也可能深埋地表下。有些由于侵蚀作用而与基质岩分离，被河水挟带到湖泊或海洋中。
火成岩由来自地球深处熔融岩石凝固而成。有些称为“喷体”火成岩，是火山爆发时喷出的熔岩、火山弹(下图)或火山灰。“侵入”火成岩是指那些在地表下凝固形成的岩石。一般说来，岩石冷却凝固得愈慢所产生的晶体就愈大，因而宝石也就愈大。许多大型宝石的晶体是在某种称为伟晶岩的侵入火成岩中形成的。
变质岩为火成岩或为沉积岩受到地球内部热量和压力的改变，而形成一种含有新矿物的岩石。当上述情况发生时宝石便可能在其中产生。例如，石榴石形成于云母片岩中，后者曾经是泥岩和黏土。长期处于高温高压下的石灰石在形成大理石时可能含有红宝石。
沉积岩是由风化的岩石碎块经积聚，而后逐渐沉淀下来，硬化形成的岩石。沉积岩一般成层堆叠，这种特征可见于装饰性宝石。澳大利亚的蛋白石大都产于沉积岩中；绿松石主要产生在页岩之类的沉积岩脉中；石盐和石膏也都是沉积岩石。
有机珍宝来自动、植物。天然珍珠是由海水或淡水贝壳中的异物所形成；养珠产于人工养殖场，分布在日本和中国沿海的浅水域中。被人们视为珍宝的动物硬壳也许来自生活在海洋、河流或陆地上的各种动物，如蜗牛和海龟。珊瑚是由一种极小海洋动物珊瑚虫的骨骸所组成。哺乳动物的骨骼或长牙可能来自目前还存活着的动物，或取自千万年历史的化石。琥珀是化石化的树脂，可从松软的沉积物或海洋中收集到。煤玉是化石化木材，见于某些沉积岩中。
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