在NGS基础:测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据,命令如下。
nohup fastq-dump -v –split-3 –gzip SRR5908360 &nohup fastq-dump -v –split-3 –gzip SRR5908361 &
这个代码,给我们4个提示:
言归正传,通常我们运行程序前,会有个预判,如前面那个例子,运行时间比较长,会使用nohup 我的命令 &的形式进行运行,从而保证程序不受网络或终端异常退出的影响。
但有时也会有误判,如没想到某个程序运行了半个小时还没结束,或数据传输时网太慢,需要传输很久,这时怎么办?中止程序,然后加上nohup再从头运行?还是有更好的办法?
下面看这个例子:马上要去吃午饭了,把文件同步到另一个服务器,饭后回来继续操作:
ysx@ehbio:~/test/Bigwig$ rsync -av * ysx@46.93.19.14:/tmpysx@46.93.19.14’s password:sending incremental file listtest1Y_DK10.bw
输入密码后,发现同步速度太慢了,1分钟只同步了1个文件,后面还有99个文件,待会离开后,如果网断了,终端退出,程序终止怎么办?同步不能完成,饭后怎么愉快的工作?
还好我们有下面的方案,一步步跟着操作,补救一下。
第一步,按ctrl+z把程序挂起,操作后屏幕会出现如下提示([1]中的1表示命令的作业号,后面会用到):
^Z[1]+ 已停止 rsync -av * ysx@46.93.19.14:/tmp
第二步(可选),用jobs命令查看下任务状态,跟刚才的屏幕提示一致,程序被暂时终止,作业号还是1:
ysx@ehbio:~/test/Bigwig$ jobs[1]+ 已停止 rsync -av * ysx@46.93.19.14:/tmp
第三步,使用bg %1命令把作业号为1的任务放入后台,并从停止状态变为运行状态,相当于加了&后接着运行。再用jobs查看,任务状态变成了运行中,这一步很关键。如果没有运行bg %1则程序处于停止状态,一直不会运行,吃几顿饭都不会运行。
ysx@ehbio:~/test/Bigwig$ bg %1[1]+ rsync -av * ysx@46.93.19.14:/tmp &ysx@ehbio:~/test/Bigwig$ jobs[1]+ 运行中 rsync -av * ysx@46.93.19.14:/tmp &
第四步,运行disown -h %1,表示在终端关闭时不对作业号为1的程序发送终止信号,外部因素将不影响程序的运行。通过ps命令查看下任务进程 (可选)。
ysx@ehbio:~/test/Bigwig$ disown -h %1ysx@ehbio:~/test/Bigwig$ ps -auwx | grep ‘rsync’ysx 18214 0.0 0.0 117844 1720 ? S 09:43 0:01 rsync -av *.bw ysx@46.93.19.14:/tmpysx 18215 0.1 0.0 182376 8360 ? S 09:43 0:04 ssh -l ysx 46.93.19.14 rsync –server -vlogDtpre.iLsfxC . /tmpysx 18340 0.0 0.0 112724 984 pts/1 S+ 10:17 0:00 grep –color=auto rsync
通过以上4步就完成了对这次操作的事后补救。以后遇到同类问题,试一试这个新方案吧!
同时还有5点提示: